Biblioteka powstała w roku 2000 jako integralna część Wyższego Seminarium Duchownego Diecezji Warszawsko-Praskiej. Pierwszym jej dyrektorem został ks. mgr lic. Arkadiusz Rakoczy. To dzięki jego staraniom powstał zarys pracy oraz zaczęto katalogować pierwsze książki, pochodzące głównie z darów – część została przekazana przez kapłanów diecezji warszawsko-praskiej, a znaczna ilość czasopism została ofiarowana przez ówczesnego dyrektora Biblioteki Wyższego Metropolitalnego Seminarium Duchownego Archidiecezji Warszawskiej ks. Krzysztofa Goneta. Bibliotekę od początku darami książkowymi i czasopismami, głównie zagranicznymi, wspiera Bp Kazimierz Romaniuk, a także Bp Marek Solarczyk.
W latach 2005-2013 funkcję dyrektora Biblioteki pełnił ks. prof. dr hab. Jacek Grzybowski, prof. UKSW. Za jego kadencji usprawniono pracę biblioteki, zostały skatalogowane periodyki naukowe i czasopisma, zarówno polskie, jak i zagraniczne. Dzięki jego współpracy z mgr Haliną Mieczkowską, kierownikiem Gabinetu Starych Druków Biblioteki Uniwersytetu Warszawskiego, udało się opracować zbiór starodruków.
W latach 2013-2021 funkcję dyrektora Biblioteki WSD przejął ks. dr Sławomir Kielczyk. Dzięki jego decyzji unowocześniono system informatyczny w katalogu głównym z MAK BN na KOHA – pierwszy zintegrowany system informatyczny, działający w ponad tysiącu bibliotek naukowych na całym świecie, dzięki któremu Biblioteka WSD dostępna jest online. Podpisano również porozumienie z NUKAT, a od 25 kwietnia 2015 r. Biblioteka WSD uzyskała uprawnienia do wprowadzania rekordów do Narodowego Uniwersalnego Katalogu Centralnego NUKAT.
Równolegle do prac nad zmianą systemu przeprowadzono prace reorganizacyjne w lektorium i magazynie głównym, utworzono też nowy magazyn dolny z wydzielonymi działami (m.in. publikacje obcojęzyczne, literatura, albumy). Biblioteka WSD zyskała nowy, bardziej nowoczesny wizerunek.
Dzięki staraniom Dyrektora Biblioteki, w 2017 r. klerycy-bibliotekarze po raz pierwszy wzięli udział w Targach Wydawców Katolickich w Warszawie, gdzie na stoisku Wyższego Seminarium Duchownego Diecezji Warszawsko-Praskiej mieli możliwość wyprzedania nadliczbowych egzemplarzy książek. Klerycy organizują także kiermasze książek przy kościele św. Jakuba na Tarchominie, mieszczącym się nieopodal Seminarium.
